（二）菲律賓提請仲裁事項的實質是南海部分島礁的領土主權問題，或構成海洋劃界不可分割的組成部分，仲裁庭對此沒有管轄權
根據《公約》，仲裁庭的管轄權限於有關《公約》的解釋和適用的爭端。領土主權問題不屬於《公約》調整的事項範圍。另外，中國於2006年根據《公約》作出聲明，將與海洋劃界有關的爭端排除適用包括仲裁在內的強制解決程序。因此，南海仲裁案仲裁庭對中菲領土主權和海洋劃界爭端均沒有管轄權。
菲律賓將其所提仲裁事項主要歸納為以下三類：第一，中國在《公約》規定的權利範圍之外，對“九段線”（即中國的南海斷續線）內的水域、海床和底土所主張的“歷史性權利”與《公約》不符；第二，中國依據南海若干岩礁、低潮高地和水下地物提出的200海里甚至更多權利主張與《公約》不符；第三，中國在南海所主張和行使的權利非法干涉菲律賓基於《公約》所享有和行使的主權權利、管轄權以及航行權利和自由。菲律賓聲稱其訴求所涉事項與同中國的領土主權和海洋劃界爭端無關。
但是，菲律賓提出的各項仲裁事項已涵蓋判定主權歸屬和進行海洋劃界的主要步驟和主要問題。
關於菲律賓提出的第一類仲裁事項，中國在南海的歷史性權利形成和發展與中國確立對南海諸島主權的過程是一體的，菲律賓所稱中國歷史性權利存在的區域與雙方有待劃界的區域重叠。因此，不能脫離中菲領土和海洋劃界問題而單獨處理。
關於菲律賓提出的第二類仲裁事項，脫離了國家主權，島礁本身不擁有任何海洋權利。衹有對相關島礁擁有主權的國家，才可以基於相關島礁提出海洋權利主張。在此基礎上才能評判有關海洋權利主張是否符合《公約》。因此，如果有關島礁的主權歸屬未定，以該島礁主張海洋權利的前提就不存在，也不構成一個可以提交仲裁的具體而真實的爭端。此外，低潮高地能否被據為領土，這本身也是一個領土主權問題。《公約》對低潮高地能否被據為領土並未作出規定。
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