當前黨建智庫建設中存在的最突出問題，恰恰就是高端智庫缺乏、高質量的研究成果不多。有的把中央早有明確定論或早已作出的決策部署再拿出來推演論證一番，搞體內循環，毫無前瞻性；有的黨建研究報告、論文雷同，社會公信力與影響力不足；有的故弄玄虛，把黨建研究搞成學究式、文本化的純理論研究，嚴重脫離實際；有的不肯下苦功夫，不做真研究，拾人牙慧，生拉硬扯，套用西方理論搞假創新，把理論創新搞成概念創新；有的裝腔作勢，寫文章做研究總是喜歡以領導的口吻來說話，沒有自己的獨到見解，對黨建實際工作也起不到指導和決策參考作用；有的只根據自己的興趣開展研究，不能及時捕捉有關部門對黨建決策的咨詢需求，對問題的時效性、指向性和精准性把握不夠。
決策需求部門的某些做法也導致研究機構提交的研究成果或咨詢報告質量不高。如有的黨政領導機關和決策部門明確要求，各智庫機構做的資政報告必須經過所在單位黨組織審核把關並加蓋黨組織公章後才能提交。而黨組織審核往往把政治標準作為資政報告的首要甚至是唯一標準，寧“左”勿右，不可避免地會出現因“唯上唯書”而把一些“領導沒說過、文件沒講過”的真知灼見過濾掉或打磨得面目全非的情況，也使智庫無法講真話、諫諍言。
總之，當前黨建智庫所提供的思想產品的前瞻性、戰略性不足，不少黨建研究浮在表面或集中於應急應景研究，與實踐脫節，沒有體現智庫深入、專業、嚴謹與權威的特點，資政建言的能力不強。
3.黨建智庫建設的制度機制不健全
目前黨建智庫建設的相關機制還很不完善：一是在智庫人才建設方面，缺乏開放、競爭、流動的人才機制。從事黨建研究的人員素質參差不齊，黨建智庫缺少傑出的領軍人才和專家型人才，也缺乏聚才引智的人才制度。同時，作為決策部門的黨政機關與作為研究機構的事業單位之間存在較為嚴重的身份壁壘和流動障礙，兩者之間“雙向旋轉”機制不通暢。黨建決策需求與黨建智庫產品供給缺乏有效對接，黨建研究工作者不了解實際黨務工作部門的決策需求，黨務部門也覺得研究部門提供的成果不管用。黨建研究機構與黨建決策部門之間的聯繫主要依靠研究人員的人脈與決策部門對於研究機構的熟悉程度，具有很大的主觀性和不確定性。
二是在智庫機構的身份上，一部分設在黨政機關內部的研究部門，本身屬於行政機關和決策部門，人員身份也屬於公務員，至於科研院所校屬於事業單位，不少研究人員為兼職。在黨建智庫建設上存在身份定位模糊的問題，無疑阻礙了黨建研究機構向專業化黨建智庫發展。
三是在經費管理方面，當前黨建智庫的研究經費大多來源於財政撥款，需要嚴格按照政府機關的財政資金管理制度的規定執行，束縛了智庫發展。如社科項目的經費管理制度對課題經費預算管得過死，勞務費比例太低，很多課題調研與會議研討費用沒有正式發票不能報銷。
四是在考核評價方面，目前尚未建立科學的考核激勵機制，在黨建課題的立項發布、研討交流、評比結項等環節中易受官本位思想的影響，不利於優秀人才和優秀成果脫穎而出。有的又堅持單純的學術標準，存在學者出題、學者研究並由學者評價的問題，而不是依靠實踐、決策部門和基層黨員群眾來評價。
五是在成果的轉化利用方面，缺乏科學的機制。如目前尚未建立黨建重大理論成果發布平台和交流機制，一些研究機構缺乏與相關黨務決策機構聯繫溝通機制和成果匯報渠道，導致一些學術成果長期被束之高閣，成為“一紙空文”，得不到轉化利用。黨建智庫及相關學者的研究產出與發布缺乏內部質量管控機制，一些研究者強調學術自由而隨意發表一些似是而非的觀點言論，產生不好的社會影響。
六是在科研合作方面存在不足，課題多以個人或單位形式申請，缺少跨單位、地域、領域的協同資政。不少黨建研究機構既無內在動力又無外在壓力，呈現力量分散、重複設置、多而不強的特點，同質化、碎片化、無序化嚴重，研究資源缺乏統籌優化，不利於黨建重大項目集體攻關。
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