第三至七章就罪行方面提出建議，涵蓋五大類危害國家安全的行為和活動。大部分建議是完善現行法律；此外，我們亦建議按香港特區實際情況和需要，新增一些罪行，以有效防範、制止和懲治各類危害國家安全的行為和活動。該五章涵蓋的罪行類別包括：
第三章：叛國及相關行為。我們的建議是完善現行《刑事罪行條例》第I、第II部及普通法，將與叛國相關的罪行納入新訂立的《條例》。完善的範圍包括將不合時宜的部分刪除或修改，例如一些以前被殖民統治時期所用的提述，以及納入一些需要防範的叛國及相關行為，例如危害國家安全分子接受或參與涉及境外勢力的操練。
第四章：叛亂、煽惑叛變及離叛，以及具煽動意圖的行為。我們的建議是完善現行《刑事罪行條例》第II部，將這些罪行納入《條例》。
完善的範圍包括調整“煽惑離叛”罪涵蓋的煽惑對象，由只涵蓋煽惑警務人員、政府飛行服務隊成員及輔助警察隊成員，擴闊到負責制訂及執行政策、維持公共秩序、管理公共財政、維護司法公正，以及具有針對政府部門的法定調查權力的公職人員等。
同時，我們亦建議仿效其他國家的法律，引入“叛亂”罪，處理危害國家主權、統一或領土完整的“暴動”行為，或屬一個中國內的嚴重內亂甚至武裝衝突。
第五章：竊取國家機密及間諜行為。我們建議完善《官方機密條例》相關條文，以保護與國家或香港特區有關的秘密事項，免受竊取或非法披露；並遏止間諜以及勾結境外勢力，意圖危害國家安全的行為。
就“保護國家秘密”，我們建議在新訂立的《條例》中詳細定義“國家秘密”，以及就保護國家秘密訂立相關罪行，包括“非法獲取國家秘密”、“非法管有國家秘密”及“非法披露國家秘密”。
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