大型石材體積較大，沉重無比，不僅裝卸困難，且運輸難度極大。《兩宮鼎建記》記載：“三殿中道階級大石長三丈、闊一丈、厚五尺。派順天府等八府民夫二萬，造旱船拽運。派同知、州判、縣佐貳督率之。每里掘一井以澆旱船、資渴飲。計二十八日到京，官民費計銀十一萬兩有餘。”這裡的旱船是指運輸石料的大車，只能在冬季進行拖運，因為嚴冬結冰時，沿途每里挖一口井，以井水澆路結冰，由軍夫、民夫拖運裝載巨石的大車，即旱船，在冰上緩慢移動，一路拽運至工地。從房山大石窩到北京城140里，這樣的運輸方式，每天行程約4到5里，需花費近1個月時間，耗時費力，艱難可見一斑。
對於采自外地的石材，因距離較遠，大多利用運河運輸。江蘇徐州、河南浚縣等地的花斑石就是通過大運河運至北京的。徐州出產的花斑石，由漕船經禦河北上，進入北運河到達通州；產於河南浚縣的花斑石則經衛河進入禦河，沿途北上到達通州。《萬歷順天府志》記載，通州張家灣有花斑石廠，這些花斑石經水路運來，運至通州張家灣碼頭後卸船，暫存在花斑石廠，然後根據需要運到營建工地。
石料運輸在時間安排上選擇在冬季進行，除了冬季路面堅硬，便於冰化路面之外，還因為春夏之際往往農事繁忙，此時征調民夫對農業生產不利。
石料運至北京城各處工地後，工部派遣官員專門負責驗收。“大料運至西長安，夕，交卸，小料運至內西華門外河邊交卸，灰石作會收，令石匠成造，然後用人夫運進宮殿。”至此，付出了巨大努力運輸到京城的石料才進入建築使用環節。
當時的磚瓦，除了琉璃瓦在京西燒制外，還大量使用了山東臨清等地的優質磚料。據臨清《繕部題名記》載：“國家營建，工恒需於陶，陶恒於要會地。臨清故要會，吞汶、濟、漳、衛諸水，建瓴滄渤，檣艦蔽流而南北者，蓋猬毛集也，因北艦之集，而以所陶附之北輸，於輸便，臨清建磚廠陶焉。”
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