二是探索多元化融資渠道，構建跨省域生態補償長效投入機制。當前我國主要存在兩個生態補償資金來源渠道，分別是財政轉移支付與專項基金，前者為主要資金來源。在財政轉移支付中，占比較大的是縱向轉移支付，尤其是中央對地方的轉移支付。相比之下，同級行政區域之間的橫向轉移支付偶見於同一省域範圍內的生態補償實踐。而省域之間、跨省流域上下游之間的橫向轉移支付更是鳳毛麟角。
建立多元化、多渠道的生態補償資金長效投入機制是長江經濟帶跨省域生態補償機制得以正常運轉的前提。從國內實際出發，有必要構建“以橫向財政轉移支付為主，縱向轉移支付為輔，其他資金為補充”的生態補償資金體系。與縱向轉移支付相比，橫向轉移支付通過明確雙方的權利義務關係，有利於最大程度地調動生態補償直接利益相關方（長江沿線各地方政府）的積極性，實現權、責、利的統一。對於中央財政的縱向轉移支付，則主要用於重大項目的專項補助。此外，還應積極爭取民間資金、政策性金融機構的支持。
三是實行以“造血型”補償為主的多樣化補償方式，構建合作共贏、互惠互利的產業發展機制。當前以縱向轉移支付為主的補償方式存在著補償標準偏低、方式單一、範圍偏窄等問題。從實現長江經濟帶可持續發展的角度出發，有必要推動補償方式從“輸血型”補償為主向“造血型”補償為主轉變，可行的方法包括項目合作、投資引導、技術援助、提供就業等。為此，應出台強有力的投資引導政策和技術扶持政策，鼓勵經濟和科技發展水平相對較高的長江下游省市將節能環保技術和生態型產業向上游地區轉移擴散。
四是完善生態補償標準體系，構建科學合理的生態補償技術支持體系。建立省際生態補償機制，必須綜合考慮上游生態系統建設和保護成本以及下游因生態環境破壞所造成經濟損失，科學確定生態補償標準，並使之制度化、規範化、常態化。
此外，建立科學可行的水質監測制度也非常關鍵。為此，一是建立長江流域水質在線監測制度，加強對在線監測設備的監管和校正；二是引入第三方權威監測機構，保證跨界斷面水質監測數據的客觀公正；三是流域內各地政府要做到守水有責、防微杜漸，對於監測點水質發生量變的，應盡快啟動應急預警機制；四是建立信息公開制度，定期公布長江流域各監測點監測數據，實現監測數據透明公開。
五是加強中央對流域政府的監管，構建生態補償的激勵約束機制。當前，在我國環境保護法律體系中，還沒有生態補償相關的法律法規，應當從完善法律法規、強化監管和改進政績考核方式等方面構建有助於推動跨省域生態補償快速發展的激勵約束機制。
要盡快制定省際生態補償的相關法律法規，通過明確生態補償的種類、標準、範圍和管理體制，實現長江經濟帶跨省域生態補償的制度化和規範化；要加強中央政府對跨省域生態補償工作的監督管理，對生態補償資金的使用效果進行全程嚴格監督。
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