第三，生態補償標準體系仍不完善。補償機制建設在補償範圍、補償對象、補償標準等方面還存在一些技術障礙。補償標準的確定是補償效益機制中的一大難點，在建立補償資金體系之前，要明確生態補償建設和環境保護舉措與提供的生態效應之間的因果關係。當前長江經濟帶部分地區實施的生態補償標準總體偏低。
第四，補償機制模式和資源機制較為單一。目前長江經濟帶各省實施的生態補償主要還是由政府主導，補償方式主要依靠財政轉移支付、生態功能建設專項資金及相關的稅費政策，而企事業單位投入、優惠貸款、社會捐贈等其他渠道明顯缺失，除資金補助外，產業扶持、技術援助、人才支持、就業培訓等補償方式缺乏應有的重視。
第五，生態補償機制實施保障不健全。長江經濟帶省際水環境資源產權制度尚未構建，產權關係不夠明晰，生態環境權益交易流轉體系不建立，難以充分發揮市場力量，調動流域上下游相關方的積極性。長江經濟帶建立生態補償機制實施的法律支撐還不足，現有的也分散在有關法規政策文件的一些生態補償的規定中，並沒有對各利益相關者的權利、義務、責任界定及補償內容、方式和標準等要素予以明確規定。完善長江經濟帶省際生態補償機制還亟待有效的監管體系，監管能力不匹配，生態補償機制實施的基礎不牢。
完善長江經濟帶省際生態補償機制的思路
一是積極爭取國家試點，構建跨省域生態補償的溝通與合作機制。在現行運行機制下，地方政府之間的跨區域合作必然會遭遇行政區劃壁壘與市場跨界配置資源的矛盾。在涉及省際生態補償中，僅僅依靠上游和下游的同級地方政府進行談判和磋商，很難達成一致意見。基於此，中央政府的介入和干預就顯得非常重要。
建議長江流域應抓住長江經濟帶建設上升為國家戰略的有利機遇，爭取將長江流域跨省生態補償納入國家試點範圍。可先期由中央有關部委會同沿線11省市地方政府共同組成“長江經濟帶生態補償委員會”。以委員會為載體，建立省際常態化溝通與合作平台，定期組織部省際協調與聯席會議，就長江經濟帶跨省域生態補償問題展開磋商與談判。
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