機構臃腫的最大弊端是層層把關，決策緩慢，導致美軍對新興威脅反應遲緩。如近兩年異軍突起的“伊斯蘭國”組織，蘭德公司早就向奧巴馬政府發出預警，但美國軍方卻遲遲拿不出對策。2014年8月發起“內在決心”打擊行動後，美軍高層未能根據“伊斯蘭國”的新特點提供有效的戰略指導，中央戰區只得沿用對付“基地”組織的老套路開展打擊行動，作戰效果猶如隔靴搔癢。此外，從敘利亞內戰到烏克蘭危機，美軍領導層的反應速度明顯慢於俄軍，美國國防部因此飽受詬病。
領導指揮機構臃腫還擠占了有限的國防資源，導致美軍無法將錢花在“刀刃”上。就平價購買力而言，美軍當前的國防預算與1986年通過《戈德華特-尼科爾斯法》時基本持平，但軍隊規模卻只有當時的三分之二。據統計，美國國防部長辦公廳、聯合參謀部、戰區司令部和國防部各直屬局的運行編制達24萬人，每年耗費預算1130億，接近整個國防預算的20%。巨大的行政消耗擠占了寶貴的國防資源，嚴重削弱了美軍的戰鬥力生成能力。
美國國防部和國會計畫從兩方面為頂層指揮機構“抽脂消腫”。
一方面，按照職能整合的思路合併同類項。據美軍內部調查報告顯示，職能重叠是導致頂層指揮機構臃腫的主因。如國防部負責政策的副部長主抓國家安全和國防政策制定，但聯合參謀部、戰區司令部以及各軍種部均設有戰略規劃和政策部門。為此，美軍將對聯合參謀部、戰區司令部、戰區軍種組成部隊司令部的情報、後勤和計畫等部門進行整合，大幅裁減重叠崗位，減少因層級過多產生的內耗。從目前情況看，美軍不會合併北方和南方司令部或者歐洲和非洲司令部，6大戰區司令部的格局不會改變。
另一方面，減少將官數量，嚴格限定編制規模。當前，美國國防部正努力將管理層的規模壓縮25%，美國參議院要求國防部以同樣的比例削減將官數量，尤其是把上將名額從41人減少到27人。奧巴馬執政以來，美國國家安全委員會人數猛增至400多人，導致國安會對美國軍方的“微觀管理”現象較為嚴重。為此，美國參眾兩院計畫將國安會的編制限定在150人以內，從而賦予軍事領導層更多的自主權。
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