當前，智庫建設還存在很多體制機制障礙，突出表現為經費保障不足、科研管理體制僵化、科研成果社會影響力低等方面。解決這些問題，需要各方群策群力、統籌施策，以符合實際的制度政策、先進科學的管理方式，為高端智庫建設保駕護航。
地方社科院目前的科研經費，一方面來自財政，另一方面需要自籌。遼寧省社會科學院院長姜曉秋認為，智庫建設在利用好財政資金的同時，要廣開融資渠道，培養智庫產品市場，提升智庫研究資金的融資能力。除了改革智庫資金管理辦法，實施適應智庫發展的資金管理制度外，研究資金投入是提升智庫能力的強有力的保障。充足的研究資金是智庫研究實力的體現。保障智庫發展必須按照研究問題導向制配備和籌措充足的研究資金，同時要從維護知識產權的角度允許智庫機構的智庫產品按勞按值交換，獲得合理合法合情的人力資源支出補償。為此，要搭建智庫公共服務融資平台和培育智庫產品市場，解決智庫研究資金來源，並讓智庫機構成為智庫產品市場的主體。以智庫產品購買制形成智庫產品市場的競爭機制，對新型智庫研究資金實行法制化的資金管理制度，使得研究資金成為智庫研究的保障和驅動力。
科研管理方面，科研經費的使用是一個大難題。湖北省社會科學院實施了有別於政府公共經費管理的方式，就是把科研經費跟公共管理經費完全分開。湖南省社會科學院則把經費集中起來，不“撒胡椒面”，按照確定的方向集中使用。並把前期資助變為後期資助。原來的時候，一立項就給錢了。現在立項以後，如果研究過程中需要經費，那麼可以借用。最後根據完成的情況，對經費進行結算。
上海社科院同樣在科研管理體制方面進行了大刀闊斧的改革。因為歷史遺留問題，上海社科院的18個研究所中，有8個是正廳級的，人員從一個所到另一個所，都要通過編辦。這樣的體制很難進行新型智庫建設。因為分管的副院長是副廳級，去管正廳的所，怎麼管？作為此次唯一入選25家國家高端智庫試點的地方社科院，上海社科院痛下決心，把所有的所全部改成了副廳級。管理體制理順後，引進人才也更容易了，很多高校的院長、校長助理現在都可以通過引進的方式進入社科院。
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