掠奪資源是日本占領東南亞的重要目的之一。1942年7月，日本出台《大東亞建設基本綱領》，規定東南亞為日本的礦業、農業基地。為了實現以戰養戰，日本對東南亞的石油、礦產及農業資源採取了竭澤而漁式的掠奪。日本強制征購糧食，造成糧食短缺。日軍還強迫當地農民改種軍需作物，嚴重破壞了東南亞各國的農業經濟結構，造成生產萎縮及歉收，原本盛產糧食的東南亞國家出現大饑荒。菲律賓人民“因饑餓而倒斃街頭者已成為司空見慣的現象”，越南在1944到1945年間，總計餓死約200萬人。
日本在東南亞還製造了多起慘絕人寰的大屠殺。1942年新加坡淪陷後，日軍策劃了“肅清行動”以打擊支援中國抗戰的當地華人。數以萬計的華人被日本警察拷打致死，在海濱遭到日軍機關槍射殺，或者被捆綁推入大海喪生。1945年，美軍發動馬尼拉作戰，日軍實施瘋狂大屠殺，一個月內約10萬名菲律賓平民喪生。
東南亞淪陷後，大量盟國軍人及平民成為日軍階下囚。日軍對他們特別是盟軍戰俘進行了非人虐待，包括水刑、電擊、吊刑以及鞭刑等。1942年3月，巴丹半島1.2萬名美國軍人和6.5萬名菲律賓軍人被日軍俘虜，在被轉移至集中營途中，1.5萬名戰俘死於非命。到達集中營後，又有約2.6萬名戰俘不堪日軍的毆打虐殺和疾病折磨相繼死亡。更令人發指的是，在戰爭後期，由於糧食供應被盟軍切斷，日軍有計畫地殺死盟軍戰俘，烹食屍體充饑，甚至直接從活人身上割肉食用。
日軍還強征東南亞人及盟軍戰俘充當苦力。1943年，日軍強迫十幾萬東南亞人和6萬多名盟軍戰俘修建泰緬鐵路，其中，10萬名東南亞勞工和1萬名戰俘因日軍虐待及過度勞累等原因而死亡。日軍還將東南亞人作為研製生化武器的試驗品，將婦女作為獸欲發洩對象。
偽善終被拋棄
多行不義必敗
牟倫海
為鞏固侵略成果並進一步推動軍事擴張，日本侵略者利用東南亞人民憎惡西方帝國主義的情緒，打著建設“大東亞共榮圈”的旗號，宣稱要幫助東南亞人民趕走西方殖民者，以實現“亞洲解放”與“共存共榮”。日本侵略者的宣傳具有迷惑性，初期，東南亞整體上出現親日情緒。
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