中國否認仲裁庭具有管轄權，理由是：
1、菲律賓提請仲裁事項的實質是南海部分島礁的領土主權問題，超出《公約》的調整範圍。
2、以談判方式解決有關爭端是中菲達成的協議，菲律賓單方面將爭端提交強制仲裁違反國際法。
3、即使菲律賓提出的仲裁事項涉及有關《公約》解釋或適用的問題，這些事項是中菲海域劃界問題的一部分，不可分割，而中國已經依照《公約》作出聲明，明確排除對涉及海域劃界的爭端適用仲裁。
這是一場公正、合理的仲裁嗎？
首先，一個國際仲裁庭裁決的效力首先取決於這個仲裁庭整體和仲裁員的公正性、獨立性完整無瑕疵。然而經我們的研究發現，國際海洋法法庭（ITLOS）日本籍前主席柳井法官具有《公約》附件七所規定的回避事由，應該回避並將指派、組建仲裁庭的主席職責轉交他人履行，而他在指派組建仲裁庭過程之中和之後的有爭議行為顯示，柳井法官相對於本案的公正性具有明顯瑕疵。
此外，菲方指派的仲裁員Wolfrum法官可能具有預設立場或先入為主的判斷，其公正性存疑。
其次，仲裁庭對於爭端性質的論證存在缺陷。菲律賓將本案爭議定性為海洋權利爭端屬於混淆視聽，本案爭議的實質仍然是領土主權爭端和海洋劃界爭端。
而領土主權爭端不在《公約》的解釋或適用範圍內，不受仲裁庭管轄。海域劃界爭端已在中國2006年的聲明中被明確排除在仲裁庭管轄範圍之外。
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