智庫要對公共政策的制定產生影響，這是智庫的核心功能。在智庫的社會網絡結構中，制定政策者、影響政策者和利益相關者之間不斷溝通，利益相關者試圖直接影響政策制定者，或者間接地通過政策影響者對政策制定者施壓，獲得對自身有利的政策出台。智庫須在其中找准自身定位，發揮正向作用。
我們認為，既要致力於智庫的基礎建設，具體包括：戰略管理、行政管理、營銷管理，整合信息資源、財務資源、人力資源等，形成堅實的智庫基礎層；與此同時，為了提升智庫的競爭力，智庫必須對政策制定的相關人員進行影響，包括基礎研究者、政策首倡者、政策諫言者、政策決策者、政策修訂者和政策實施者。
為此，需要著力處理好以下六大關係：
基礎研究與對策研究的關係。基礎研究和對策研究之間是辯證發展的關係，有了良好的基礎研究做支撐，對策研究才能有力度與深度，否則對策研究將成為無源之水。因此，中國特色新型智庫建設不能混淆基礎研究和對策研究的關係。必須堅持基礎研究與對策研究並舉方針，推出有客觀依據、經得起實踐和歷史檢驗的原創性基礎研究成果，使對策研究建立在深入扎實的基礎研究之上。
科研考核與智庫考核的關係。基礎研究關注的是發表學術論文、出版專著等，而對策研究關注的是獲得領導批示、被有關部門采納，兩者的考核體系不盡相同，如何在同一個機構內，平衡好對兩類研究的考核，成為智庫建設的核心問題之一。只有運用好考核這個指揮棒，才能充分調動各方面的積極性，參與到世界知名智庫的建設中來。
練好內功與對外宣傳的關係。練好內功是智庫構建核心競爭力的必然要求。要圍繞經濟社會發展重大問題和國際問題，開展全局性、戰略性、前瞻性、系統性、綜合性研究，推出現實性強、公信度高、影響力大的創新性理論觀點和決策研究成果，為中央決策提供高質量的智力服務。同時，建立國內外網絡系統，立體化、多渠道地宣傳自己的成果，做好對外宣傳工作。
智庫建設與後勤保障的關係。智庫的後勤保障體系，至少應包括：數據支撐體系、日常行政運行體系、財務運營體系等。數據支撐體系是智庫運行的基本保障。我國智庫必須思考如何按照“雲”構架，建立統一的、海量的哲學社會科學大型信息數據庫；把握核心數據，建立起有效的決策支持系統；建立快速反應的網絡輿情反饋系統，幫助政府有關部門做好危機公關。日常行政運行體系是智庫高效運行的保障。日常行政運行效率低下的問題嚴重地影響了我國智庫整體的效率。可以為研究人員配給研究助理，承擔後勤保障，為研究人員節約時間精力，提高智庫效率。財務運營體系是智庫運行的生命線。獨立運行的社會智庫將面對較大的財務壓力。隨著智庫間競爭的日益加劇，智庫的運行能否有序、穩健與融資能力緊密相關。
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