（二）馬英九總統任內所核定、經管或接觸之國家機密檔案及資料，尚待更多時間完成清查與確認。
國家機密保護法施行細則規定，對涉及國家機密之退、離職人員之出境，原服務機關必須審酌其涉密、守密程度等相關事由後據以准駁。依據該法主管機關法務部之法律見解，原服務機關必須考量該人員所核定、經管或接觸之國家機密檔案與資料，是否已全數移交或清查完畢。由於馬英九總統於卸任僅13日即提出出境申請，新政府交接迄今時日尚短，相關清查作業時間尚有不足，本府基於保護國家機密之精神，對本案仍應審慎以對。
（三）香港對我國家安全之維護係屬高度敏感地區，卸任總統於出境管制期間造訪香港之風險難以管控。
依據國家機密保護施行細則第32條第2項規定，申請人需檢具“出境行程”、“所到國家或地區”、“從事活動”、“會晤之人員”等資料，由原服務機關審酌。因此“所到國家或地區”為准駁之重要考量。依我國現今所處國際情勢，並考量國家安全及利益，香港對我國家安全之維護係屬高度敏感地區，卸任總統於出境管制期間造訪香港之風險難以管控。
（四）國安局與香港政府相關合作並無前例可循，復以本案時間緊迫，難以與中國大陸及香港政府充分協商。
國家機密保護法自92年2月6日公布生效以來，並無卸任總統依該法規定申請出境之前例，然依法對卸任總統出國開會、參訪、演講或從事公、私行程，其人身安全應受到保護，並由國家安全局提供安全護衛及必要之保護。
卸任總統涉密程度極高，對其提供充足的人身保護及安全戒備，與國家機密保護密不可分。惟國安局與香港政府有關單位之間的相關合作，並無前例可循，復以馬英九總統於甫卸任之際即規畫赴港，時間緊迫，政府難以與中國大陸及香港政府充分協商，其人身安全、禮遇等相關事項難獲明確保障，因此更應審慎斟酌。
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