在政治方面，雖然，柯文哲曾多次主張藍綠並沒有甚麼不同，甚至生動的用狒狒不是爬上樹屁股才變成紅的來比喻。這也是他宣稱創立民眾黨的主要動機之一。他的論點是無論藍綠都是以政黨利益為優先，而不是以台灣人民的福祉為重。他認為藍綠兩黨都有貪污、黑箱、內鬥等問題，而且都對中國大陸的關係沒有清晰的策略和方向。
柯文哲期望民眾黨打破藍綠的高牆，建立一個超越意識形態的第三勢力。但目前綜觀下來，民眾黨並沒有展現出和藍綠的關鍵性不同，無論是民眾黨的地方染黑的疑慮或是新竹市長高虹安涉嫌詐領助理費的案件，都對他的選情造成了衝擊。
在兩岸方面，柯文哲也曾表示，兩岸關係決定權不在台灣，是個假議題。他認為，兩岸關係的發展不是由台灣單方面決定的，而是受到國際情勢和中美關係的影響。這論述反映了他對兩岸關係的務實態度，但是也沒有完全脫離藍綠執政時期維持現狀的政策方針。
在政策方面，女權、特殊族群選票上幾乎回天乏術、為了維護地方影響力也不得不運用地方勢力，加上兩岸議題拿不出和藍綠關鍵差異的情況下，柯文哲可以考慮似乎衹有政策面的不同。例如在性別議題上，打起尊重家庭與傳統中華文化的價值，經濟上強調減少政府干預，打造良好經濟環境等，替民眾黨和藍綠兩黨製造出區別。
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