首先，“二軌”的性質將發生變化。馬英九總統執政時期，兩岸官方存在一定程度的政治互信，故那時“二軌”的作用可謂“增信”重於“釋疑”，兩岸官方智庫學者可以就更高層次、更敏感領域展開探索、凝聚共識，而當兩岸之間發生小波折時，“二軌”平台也可以及時發揮減壓閥、冷卻劑的效果。但當兩岸間連基本的政治互信都不牢固時，期待“二軌”還能發揮之前那樣的功能，恐怕是舍本求末。而此時“二軌”的作用已變為“釋疑”重於“增信”。然而，從520以來參與WHA、雄三誤射、ICAO叩關等事件接連發生來看，在一些突發、敏感事件中，若只依靠“二軌”來溝通、協調，這是超出其原定功能與承受能力的。
其次，“二軌”的運作空間將急劇縮小。馬英九總統執政時期，兩岸智庫交流是機制化、常態化的，雙方互訪、共研頻繁密切，其中大陸也擴大了與綠營背景學者的交往。但需要注意到，在那一時期，由於台獨黨綱的掣肘，大陸官方智庫與民進黨官方智庫之間並沒有建立正式的交往機制，大多數綠營智庫學者仍然以個人或學者身份參加研討，只有個別綠色背景或派系背景的智庫才有機會和大陸之間展開合作。同樣，520後兩岸關係更加複雜嚴峻，“一軌”不通，甚至“二軌”也不暢，南京大學台灣研究所所長劉相平便指出，由於兩機構官方色彩濃重，大陸相關涉台智庫要與其開展交流工作，存在明顯的障礙和困難。所以，即便蔡當局延請立場友善、理性溫和的人士擔任智庫負責人，或是安排台當局各部門官員擔任董事，在政治互信薄弱、政治基礎不牢的情形下，上述人士只能以個人身份穿梭往來兩岸，這又回到了阿扁執政時期的老路上，還是顯然無法解決當下兩岸關係面臨的問題。
由此可見，如果說在馬政府時期，“二軌”的作用是“錦上添花”的話，那麼扁政府與現在的蔡政府時期的“二軌”恐怕連“雪中送炭”都算不上，充其量最多能發揮“亡羊補牢”的作用。
520後兩岸關係挑戰多多，台灣亞太、遠景兩大智庫的易人，又為兩岸智庫交流前景增添了不確定性。正如廈門大學台灣研究院院長劉國深所說，如果雙方不能找到政治交集，亞太、遠景等台官方智庫也很難發揮作用。 |
