流派之爭一直困擾著現代聖戰運動。恐怕正是立場相左的聖戰分子在幕後主導了對阿富汗阿拉伯運動的旗手阿卜杜拉·阿扎姆（Abdullah Azzam，被稱為聖戰之父，亦是本拉登的導師——譯者注）1989年的暗殺行動，而其他一些聖戰分子甚至更試圖在本拉登（Bin Laden）於蘇丹訪問時直接刺殺拉登本人。基地組織本身是作為更大的阿富汗阿拉伯運動的小分支運動成長起來的，它和其他聖戰分子一直關係齟齬，更遑論對其他組織有所控制。
但在從二十世紀90年代末到911以後的一段時間內，基地組織卻成功地團結了現代聖戰運動的眾多其他分支。基地組織不僅掌握了巨額資助，更控制了位於巴基斯坦和阿富汗的聖戰分子訓練營。不少組織儘管和基地組織的目標不盡相同，但卻需要倚仗基地組織獲得資金並訓練成員。這種對資金來源和訓練資源的雙重控制，讓基地組織可以根據自己的意願把招募到的新兵送往其他組織，從而讓一個目標相近的組織可以在國內逐漸發展壯大，令不同組織可以在一個相同的遠景下相互合作。除此之外，本拉登的思想和性格也非同一般。他一方面富有人格魅力，另一方面又相當謙遜。他不喜歡別人溜須拍馬，相反，卻對身邊的人循循善誘：這兩種性格的綜合讓他可以團結眾多性格剛強又熱情的信眾，讓他們共同投入到聖戰運動中。當然，911事件也讓基地組織威望空前，使其無論在資金來源還是成員招募上都獲益匪淺。最後，在911事件之後，鑒於不同聖戰組織之間擁有眾多共同目標和訓練內容，美國及其盟友自然也對它們進行了共同打擊，這也讓這些組織（尤其是那些位於阿富汗和巴基斯坦境內的組織）被迫走到一起以求自保。
儘管上述促使基地組織一度強大的原因已經部分失效，但基地組織目前依然處於守勢。基地組織目前可能仍然擁有巴基斯坦和阿富汗境內的恐怖分子訓練營，但巴基斯坦的軍事打擊已經讓這些訓練營和911之前的規模無法相比。同樣的，基地組織對資金和新兵的掌握能力也在縮小。基地組織的繼任領導人扎瓦西里（Ayman al-Zawahiri）缺少本拉登的人格魅力和協調能力，在他的領導下，基地組織的整體威望走向衰落：最近五年來，基地組織在實際操作層面取得的成就幾乎為零。
除了基地組織走下坡路的原因之外，它和“伊斯蘭國”的分歧還在於二者在意識形態和具體策略上的不同。儘管基地組織和“伊斯蘭國”的長期目標都是用伊斯蘭法統治全世界，但他們對實現目標的次序步驟意見大相徑庭。巴格達迪（Abu Bakr al-Baghdadi）和“伊斯蘭國”希望先建立一個國家，其他目標都可以統攝在這個大的目標之內。而扎瓦西里則希望優先對付“遠方的敵人”，並且對在條件尚未成熟時就建立國家心存疑慮，儘管“伊斯蘭國”目前的聲勢也讓基地組織希望重新考慮次序問題。在統治策略方面，基地組織指示其分支機構，包括基地組織阿拉伯半島分支（al-Qaida in the Arabian Peninsula, AQAP）以及敘利亞人民勝利陣線（Jabhat al-Nusra）等，善待其控制範圍內少數民族（至少相比“伊斯蘭國”而言算善待），並且總體上和當地民眾和睦相處；而“伊斯蘭國”則強調宗教上的純潔，並且用恐怖手段強加自己的意志。是否強調與什葉派開戰，以及如何對待非聖戰分子，是基地組織和“伊斯蘭國”的不同之處。最後，“伊斯蘭國”的部分人相信末世論，而基地組織則對末世論十分不屑。
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