劉性仁認為兩岸和平協議簽訂面臨以下三大挑戰：
一、國際擔心兩岸走的太近，以和平協議內容為判斷標準
國際勢力及以美國為主的西方世界，希望台海維持和平，不致於產生區域間
的安全威脅問題；以美國為主導的國際世界也不樂見兩岸透過和平協議進行整合，倘若兩岸統一非但不利於美國的國家利益與區域安全，同時也不利於美國亞太戰略布局；在東海及南海問題的處理上變得更加棘手，因此兩岸和平協議的內容甚為重要，如果只是將和平制度化及台海現狀固定化，國際沒有反對的必要；但如果是改變美中台三角關係現狀，改變區域格局，和平協議的內容自當不是美國所期待的。
二、兩岸本身政治定位及主權爭議，使和平協議困難重重
兩岸簽署和平協議的最大障礙，恐怕還是在於雙方對國家政治定位的歧異。在大陸方面堅持以“一中原則”為基礎，才能簽署和平協議的要件下，台灣內部必然無法取得協同一致的意見，再加上大陸方面勢將對於和平統一及反對台獨，仍為其牢不可破的堅持，因此兩岸和平協議的未來恐怕是相當崎嶇。
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