因為級別原因，他當時被任命為核潛艇工程副總工程師，總工程師崗位空缺。當時許多工作都是摸著石頭過河，大家對一些問題意見分歧很大。這時，有一個能集中大家的智慧、意見並做出決策的“總師”顯得特別必要。
在進行核反應堆一回路壓力設計時，最初方案中，設計人員建議將一個主要參數設置為200個大氣壓，該參數參考了當時蘇聯列寧號核動力船舶的設計資料。
“要得到一個比較合適的數據，有兩種思路：一種是叠加法，將各種不確定因素叠加放大後確保安全，缺點是得到的數據會非常大；一種是統計法，綜合平衡可能出現的不確定因素，但這種方法對決策者的技術把握能力提出了更高要求。”對於200個大氣壓的數值，曾參與核潛艇早期設計的核反應堆工程專家、中國工程院院士周永茂很理解設計人員的苦衷，因為核潛艇是高密級工程，當時又處於特殊年代，大家做事都小心翼翼。
如果選擇200個大氣壓，意味著冷卻水溫度壓力高，但當時我國別說核裝置，就是蒸汽輪機也只有90個大氣壓。
在彭士祿的主持下，最終200個大氣壓被降至某個較低數值。
“他不迷信國外的數據，如果當時頭腦發熱，估計到現在也設計不出來。”周永茂說。後來蘇聯也證實這個數據存在錯誤。
因為之前沒有經驗，經反覆研究分析，彭士祿提出，為確保核潛艇持續航行，先建一個與海上環境條件一模一樣的陸上模式堆進行模擬實驗。
為了保障設備運行，中核集團中國核動力院高級工程師高星鬥和同事們練就了一身過硬本領。
堆艙裡面有300多個閥門，管道分3層布置。高星鬥曾回憶，考試時眼睛被用黑布蒙上，上面發布命令讓摸哪一個閥門，考生要在五分鐘之內摸到。監考的人打著手電檢查摸對了沒有。
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