但是，該指標也存在一定局限性，自“十二五”時期開始便不再使用，原因主要包括兩個方面。一方面是指標局限性。首先，分子和分母都屬於投入指標，而技術是一種產出；其次，該測算方法使用的是年度支出的流量指標，並不能反映存量技術的貢獻；再次，引進技術的顯性支出額沒有涵蓋物化技術的隱性轉移。另一方面是歷史局限性。在全球化背景下，一國完全依靠海外技術或者完全依賴國內技術都不現實。況且技術本身也有核心技術和非核心技術之分。因此，對外技術依存度不能簡單地以高低論優劣。
5個指標自成體系，但信息載荷仍較有限
《規劃綱要》5項指標的提出是我國科技指標研究的里程碑。20世紀90年代，科技指標便開始出現在科技規劃之中，但科技指標受到高度關注並對後期產生深遠影響則始於《規劃綱要》。其後的國家科技規劃均在很大程度上繼承了《規劃綱要》提出的5項指標。
然而，《規劃綱要》仍缺少一些重要指標，仍屬於“單一”指標評價。雖然5項指標設計自成體系，但是不得不說5項指標信息載荷仍然有限。例如，其中缺少產業和人才發展方面的指標。從方法論看，5項指標仍然屬於“單一”指標評價。2007年歐洲工商管理學院首次發布全球創新指數報告，以綜合指數的方式對國家綜合創新能力進行評價，“單一”指標評價進入綜合指數時代。
值得注意的是，《規劃綱要》5項指標並不是評價創新型國家的標準。《規劃綱要》把“進入創新型國家行列”作為2020年我國科技發展的總體目標之一，但並未明確5項指標就是創新型國家的評價標準，其後的文件也未將二者等同起來。5項指標只是創新型國家建設的監測評價指標。
堅持四個原則，科學設計監測評價指標 |
