不少韓國民間團體近年來已多次對此表示抗議，呼籲全面修改《駐韓美軍地位協定》或廢除部分條款，同時要求韓國政府展開獨立調查，並最終關閉駐韓美軍生化實驗室。2019年年底，韓國國防部和駐韓美軍司令部召開記者會向公眾說明“半人馬”計畫時，就曾遭到釜山市民強烈抗議。釜山南區對策委員會負責人表示，除了關閉生化武器實驗室，該問題沒有其他解決辦法。
儘管駐韓美軍生化活動在韓國遭到民眾強烈反對，但韓國政府一直對此採取低調處理方式。比如在前述“誤送”事件中，韓美在事發2個多月後才組成聯合調查團首次進行了現場調查。
據韓媒報道，“半人馬”計畫在今年9月結束後將轉為新的“綜合早期預警機制”，這意味著美軍生化項目還將繼續。分析人士認為，受韓美同盟關係影響，韓國政府在處理美軍生化實驗室問題上時受到許多制約，而來自民間的抗議和反對聲音卻在日益高漲，相關爭議或將長期持續。
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