第一，從保護的客體來看，生態環境範圍涵蓋極廣，不僅僅指傳統意義上的環境污染治理案件，還包括生物多樣性等生態保護、資源開發利用、氣候變化應對、環境治理與服務等多種類型的案件。這些領域發生的公益訴訟，均屬於環境公益訴訟的範疇。
第二，牽涉利益多元。環境公益訴訟涉及刑事、民事、行政責任的統籌協調。環境公益訴訟所保護利益不僅包括對個人人身、財產權益，更多關注社會公共利益和生態環境價值。人民法院在審理因同一污染環境、破壞生態行為導致的刑事、民事、行政和公益訴訟案件時，需要法官進行利益價值衡量，注重發揮刑事審判的震懾和教育功能、民事審判的救濟和賠償功能以及行政審判的預防和監督功能。統籌考量待決案件中所涉及的各種利益，堅持依法保護、平等保護、按序保護、協調保護的原則，妥善平衡各種利益之間的衝突，實現國家利益、社會公共利益和人民群眾合法權益的統籌保護。
第三，審理程序特殊。民事公益訴訟多元化主體決定了程序規範上相較於普通民事訴訟有一定特殊性。比如，對於人民檢察院來說，其只有在法律規定的機關或者有關社會組織不提起民事公益訴訟時，才可以起訴。為維護社會公共利益、兼顧被告的程序利益，法庭辯論終結後，在案件事實已經查清、具備判決條件的情況下，原告申請撤訴的，不應予以准許；但因行政機關履行職責而使社會組織訴訟請求全部實現時，原告可以申請撤訴。
第四，事實查明專業。環境公益訴訟案件因為歸責原則、構成要件判斷、專業問題查明等裁判規則具有特殊性，不同於傳統案件。往往引入鑒定、評估或者專家輔助人，加強對專業事實的查明。對於審理環境民事公益訴訟案件需要的證據，人民法院認為必要的，應當依職權調查收集。對於應當由原告承擔舉證責任且為維護社會公共利益所必要的專門性問題，人民法院可以依職權委托具備資格的鑒定人進行鑒定。還可以依申請通知有專門知識的人出庭，就鑒定人作出的鑒定意見或者就因果關係、生態環境修復方式、生態環境修復費用以及生態環境受到損害至恢復原狀期間服務功能的損失等專門性問題提出意見。
第五，具有一定職權色彩。對於環境公益訴訟案件，法院在居中裁判的基礎上，具有適度的職權性。人民法院鼓勵和支持社會組織依法提起環境民事公益訴訟，在法律範圍內對其主體資格條件進行擴張解釋，落實各類保障支持措施，提升社會組織起訴的積極性和專業性。
比如，在原告訴訟請求不足以保護公共利益時，要給與釋明變更或者增加；不允許原告隨意撤回起訴；對於調解要給予是否損害社會公共利益的審查，同時要公告，徵詢社會公眾意見。在《訴訟費用交納辦法》的框架內盡量減輕原告的訴訟費用負擔。原告交納訴訟費用確有困難，依法申請緩交訴訟費用的，人民法院應予准許。在案件勝訴時，原告為該案件支出的檢驗、鑒定費用，合理的律師費以及為訴訟支出的其他合理費用等應由被告承擔。
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