我國智庫基金主要用於資助科研項目和會議、調研等活動支出以及保障機構的日常運營活動，但是由於體制機制不配套等原因，國內智庫基金主要對研究過程中實際發生的成本和費用進行支持，對科研人員智力成本的付出難以體現。同時，基金的支持力度對於科研和行政人員的總體收入而言，占比不高，智庫人員的收入與智庫基金沒有顯著的相關性。
3.我國智庫基金的發展趨勢
形式上建立了越來越規範的理事會模式
我國近年陸續制定發布《基金會管理條例（修訂草案徵求意見稿）》和《關於加強中國特色新型智庫建設的意見》等文件，智庫基金的管理模式越來越傾向於實行規範化的理事會制。目前，國內主要智庫基金管理方式基本都是理事會管理模式。並且，隨著智庫基金規模的不斷擴大，這一制度越來越成熟和規範，章程不斷完善，權責不斷明確，理事長、副理事長、理事、秘書長等重要崗位定期換屆選舉，重大募捐活動、投資活動、關聯交易等重大資金分配使用事項均由理事會審定通過。
管理上傾向於通過專業團隊開展運作
隨著智庫基金規模越來越大，對專業化管理的要求也越來越高。我國多數智庫主要採取設立相關處室對基金進行管理的模式，管理人員收入主要根據職級來確定。但隨著巨額資本逐漸進入智庫建設領域，客觀上要求智庫基金的管理模式隨之變化，越來越需要通過專業化團隊進行管理，實現合理使用。目前，商業資本捐贈後形成的智庫基金，一般採用國外高校教育基金的運營模式，通過專業團隊管理資金，實現資金的保值增值。如有的智庫將上億元的捐款一部分用於保證本院運轉的資金流動，另一部分以母基金的形式進行資金運作獲得經營性收益；有的則將捐款由捐贈方代為運營管理，一部分用於智庫建設，另外一部分作為教育基金進行投資實現增值。
來源上進入智庫領域的商業資本規模不斷擴大
一段時期內，我國智庫基金通常主要依靠實體企業、個人、政府資金的捐贈，規模一般在幾百萬元左右，能夠達到幾千萬元的就已經是較大的智庫基金。近年來，隨著我國商業資本的迅速壯大和對智庫的日益重視，進入智庫領域的資金規模也越來越大，打破了傳統智庫基金“小打小鬧”的模式，部分智庫基金的捐贈規模達到了1億元以上。如，近年成立的中國人民大學國家發展與戰略研究院、中國人民大學重陽金融研究院等，智庫基金捐贈額均相當可觀，有力支撐了新型智庫的運營與發展。
用途上趨於根據智庫特點進行多樣化靈活化使用
傳統智庫基金主要用於支持學術研究相關活動、日常運行工作和舉辦公益活動等方面。隨著商業資本大規模進入智庫建設領域，越來越多的智庫基金借鑒國外的成功模式，通過委托投資機構管理的方式，將部分資金用於資本市場投資，獲得的收益作為自有資金，使用上更加靈活，避免了財政經費在使用方式和領域上的許多限制。如，在國際交流方面，智庫通常需要較為頻繁地出國調研、開展交流合作，並聘請外籍研究人員，這些經費的支出主要依靠智庫基金，傳統的財政經費難以允許這樣靈活使用。
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