判決書稱，二審查明的事實和證據與一審相同，一審認定的犯罪事實清楚，證據確實、充分，定罪準確，審判程序合法，但未準確認定陳哲宇的自首情節，且對各被告人退繳的贓款處理方式不當，中院對此予以糾正。
二審判決也對一審判決中存在爭議的幾個焦點問題作出回應。陳哲宇及其辯護人提出，被分掉的50萬元並非全部來自被套取的課題經費，團隊中的實驗師李琳（化名）負責保管套用經費，這筆錢實際上與李的個人財務、實驗室和其他公司正常業務往來混在一起，其中還摻雜公司盈利，存在“交叉使用”，客觀上無法區分是否均是課題經費。
二審判決認為，錢款系種類物，且李琳將套取的科研經費在其多個銀行賬戶中保管，相互交叉，該50萬元無論出自哪個銀行賬戶、套取陳哲宇負責的哪個項目，均不影響該款系套取的科研經費這一事實認定。
陳哲宇及其辯護人還強調，認定貪污罪的50萬元涉案數額，實際應該扣除陳哲宇應得的正當收入——項目組成員加班費、勞務費、科研績效、相關榮譽獎勵、醫學院教學維持費等。陳哲宇也曾為實驗室購買儀器和試劑墊資，這些合計數百萬元，遠遠超過被指貪污的50萬元。
二審判決認為，陳哲宇在長達數年的時間裡從未向山大財務部門提出過其科研團隊存在加班事實、需要領取加班費的申請，在案發後提出其有加班費尚未領取無事實依據，也不符合山大的管理規定。
陳哲宇辯稱，其同時擁有長江學者和泰山學者兩個稱號，山東大學並未支付他長江學者的獎金。
二審判決認為，因為兩者聘期重合，山大依照同時享有兩項以上榮譽、僅就高發放一項榮譽津貼的原則，為陳哲宇發放了待遇較高的泰山學者聘期內應享受的津貼。陳哲宇的辯解與山大的意見相悖，要求將其從侵吞錢款中扣除的理由不足。
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