第一，堅持在黨的領導之下進行智庫體系建設。這是我國智庫體系改革與發展過程中不可動搖的方針。各類智庫也必須自覺地將實現我黨治國理政的方針政策作為自己的目標，在這一前提之下尋求自己的定位和最優運行方式，實現自身發展與國家民族根本利益的統一。黨對於智庫體系建設的領導作用，既體現在思想和體系構建上的直接指導，也體現在通過對智庫成果評價和運用進行的間接引導方面。
第二，遵循“增量改革”路徑，實現體制內智庫的角色轉換。“增量改革”是我國經濟轉軌過程中的重要經驗，它在盡可能發揮體制內要素積極性並適當尊重其利益的基礎上，最大程度地化解了改革阻力，並且充分利用體制外要素來發掘特定歷史條件賦予的機遇。類似地，在我國的社會化智庫體系尚不成熟的情況下，政府內部政策研究部門仍然是為決策提供智力支持的主要力量。但是在長期上，我們需要逐步培育起外部的智庫體系，使之能夠滿足決策支持的需要。與此同時，政府政策研究部門主要職責由具體的政策研究轉為政策研究議題的確定、課題委托的智庫遴選以及智庫提出的政策方案與具體政策條文之間的對接和轉換，並在這一過程中實現管理體制和人員構成的新陳代謝。
第三，提高決策透明度，疏通智庫議政渠道。建立健全公平、公開、公正的多層次政策項目委托機制，使各類智庫有機會通過不同渠道獲得政府的委托調查研究項目，或出任由政府組織的各種顧問委員會、政策咨詢委員會、工作組的成員，以向政府輸送智庫人員、提交調研報告和政策建議等方式向政府決策層傳遞信息、推介自己的看法主張，為政府的政策決策提供參考。
第四，加強智庫評價體系建設，促進優勝劣汰。由於智庫研究的專業性，公眾很難對其成果的質量做出有效的判斷。在這種情況下，專業的智庫評價體系就非常重要。基於準確的智庫評價，政府和公眾可以了解到智庫在不同方面的水平狀況，從而能夠更好地對其觀點的可信度和承擔特定研究的能力做出判斷，並對於低質量的智庫形成聲譽壓力。專業的智庫評價體系還可以遏制智庫過度地通過媒體來擴大影響力的傾向，避免由於非專業判斷導致 “劣幣驅逐良幣”的局面。
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