菲律賓獨立後，菲政府對南部的政策依舊軟弱，菲南部多地繼續任由“土皇帝們”興風破浪。2009年，馬京達瑙的豪強安帕圖安家族悍然屠殺了政敵及媒體記者等50多人，這場暴行震驚世界。但菲中央政府卻遲遲不敢對安帕圖安家族進行懲處，最終隨著老安帕圖安病死，這場屠殺的追究行動不了了之。
因此，馬拉維被恐怖分子肆虐並不意外。菲南部地區不受中央管制，各種極端思潮泛濫，而當地豪強也樂於利用極端教義來對抗被他們視作“異教徒”的菲中央政府。東南亞地區的穆斯林本來信奉的是較為溫和的伊斯蘭教派別、且夾雜著很多本民族傳統。但隨著中東極端主義到處傳播，東南亞難以幸免。在上個世紀中葉，東南亞大多數穆斯林婦女不戴頭巾，如今幾乎沒有不戴頭巾者。
2011年“阿拉伯之春”爆發後，東南亞一些穆斯林受到極端教義毒害，奔赴中東進行“聖戰”，並揚言要從中東打回到家鄉去。IS極端組織的崛起亦讓菲律賓原有的“阿布沙耶夫”、“馬巫德”等恐怖組織備受鼓舞，紛紛轉投其麾下，打出IS“東南亞分支”的旗號。而最近IS在中東的挫敗，又導致一些東南亞籍的恐怖分子從中東逃回家鄉，這些人畢竟受到戰爭訓練，且攜帶武器，他們的“返鄉”無疑令東南亞局勢雪上加霜。本次馬拉維戰爭就是本土恐怖組織與國際恐怖勢力沆瀣一氣向菲政府發難。
菲律賓南部與馬來西亞東部地區隔海相望，菲、馬兩國對國境劃分存在爭端，但兩國對於相關水域的管理卻漏洞百出。2014年，菲律賓南部的極端分子就過海襲擊了馬來西亞東北部的旅遊勝地仙本那，還曾經劫持了中國遊客作為人質。而這次的馬拉維之戰，據信很多恐怖分子是從馬來西亞、印尼等地坐船過海抵達菲律賓發動襲擊的。所以，馬拉維之戰也暴露了東南亞各國建立互信、合作反恐能力的短板。
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