改革推動力需繼續增強。我國智庫建設從整體上說欣欣向榮，但也存在改革動力不足的問題，官方智庫、大學智庫、民間智庫發展都有各自的困境，也難以形成互補機制。在理想的智庫發展狀態下，這三種不同類型的智庫應是各具優勢，並可以形成良性互補的。但是，目前部分官方智庫改革乏力，有些大學智庫建設缺乏核心推動力，而大部分的民間智庫發展缺乏統籌規劃和引領。
激勵機制需進一步完善。當前，有些大學智庫建設呈現出一定程度的“漂浮孤島”和“面子工程”現象。大學本應成為中國智庫建設中最具創新動力的源泉，但當前大學智庫在運行機制、人才培養激勵機制建設上面子工程較多，核心管理人員和研究人員普遍由兼職人員構成，使得大學智庫成為漂浮在大學中的孤島。另外，政策研究類成果在大學的職稱評定體系中被邊緣化，即便是獲得國家領導人批示的研究成果也不被納入職稱評定，從事政策研究的學者得不到應有的認可與榮譽。長此以往，大學智庫將可能失去可持續發展的推動力和生命力。
旋轉門機制未能真正建立。目前，只有一部分退休官員有機會進入智庫發揮餘熱，而智庫的研究者鮮有機會進入政府，即使進入到了政府也被行政級別所束縛。
重視高水平專業智庫的建設。當前，我國面臨的內政外交問題前所未有的複雜，在金融、外交、軍事等領域尤其需要高水平專業化智庫的政策支持。但我國綜合性智庫居多，高水平的專業化智庫非常缺乏，應盡快在相關領域選拔、確定幾家專業智庫。
避免資金來源影響智庫研究的中立性。在各類智庫中，有不少大學智庫、民間智庫的資金來源比較多元，其中捐贈資金占很大比重，有的智庫甚至有境外資金的注入。這一方面為各種主體參與公共政策制定提供了平台，但另一方面也對智庫研究成果的客觀、中立立場產生了不可預估的影響，進而影響國家決策。
對策建議
宏觀層面：完善制度保障體系建設和智庫理論建設。第一，中國智庫必須建立適應自身發展模式的智庫理論體系。智庫作為一種極為特殊的社會組織，其政策研究直接影響著國家決策和社會思潮，如果智庫自身的定位、功能、發展模式沒有正確的理論框架所遵循，將會在智庫泛化的道路上難以回頭。第二，中國智庫應進一步建立健全決策咨詢法律法規，把決策咨詢納入法定決策程序，實現專家咨詢制度的法制化；第三，完善信息支持政策，增強決策公示和信息公開力度。使得政策研究者能夠獲得研究所需的準確信息與數據，這對於智庫研究成果具有決定性影響。第四，進一步激發智庫改革活力，落實國家智庫政策，構建多元發展、互為補充的智庫思想市場，從需求和供給兩方面進行培養與規制。官方智庫要充分發揮其渠道和信息優勢，大學智庫要充分發揮人才優勢。
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