45年來，該協會已先後有10任理事長，而首任和第二任理事長均為日本前駐台灣大使。而歷任理事長和先後14位駐台北辦事處主任均為卸任大使，也就是該機構的所有主要負責人均為資深職業外交官，由此更進一步詮釋了該機構到底是怎樣一種性質。例如現任理事長今井正為前駐以色列和馬來西亞大使，而現任台北辦事處主任沼田幹夫則曾任外務省領事局長，駐緬甸大使。
再來看看這些年來該機構具體都做了哪些事。遠的不說，就說本世紀以來，2003年12月，該機構駐台北辦事處舉辦了天皇誕辰招待會，這是日台斷交後首次舉辦的這一招待會，台灣的外交部長和政界、財界供400餘人出席了這一招待會。這一招待會就類似我國的國慶招待會，理所當然地遭到中國政府的抗議。
2005年4月，日本政府向台灣東吳大學外國語學院前院長、日語教育協會首任理事長蔡茂豐授予“旭日中勛章”，這也是斷交後日本政府首次向台灣人授勛。
2007年12月，這次該協會同時在台北和高雄舉辦天皇誕辰招待會，出席台北招待會的台灣“外長”居然稱該協會駐台北辦事處主任為“大使”。
2008年5月20日，在馬英九總統就任當天，該協會駐台北辦事處主任向馬英九總統當面轉交日本政府公函。這也是雙方斷交後日本首次在台灣領導人就職之際表示祝賀。
2009年5月1日，該協會駐台北辦事處主任齋藤正樹在嘉義中正大學發表演講之際公然聲稱，根據《舊金山和約》和《中日和約》，在日本放棄對台灣的主權後，台灣主權未定！並稱這是“日本政府的立場”。這一表述遭到海峽兩岸的強烈抗議，隨後齋藤正樹不得不在當年年底引咎辭職，灰溜溜地離開台灣。
2010年4月底，該協會與台灣“亞東關係協會”簽署了《日台雙方關於經濟交流與合作的備忘錄》，這是雙方自1972年就建立這兩家機構達成協議以來的第一次。
2012年9月，在日本政府就釣魚島做出“國有化”決定後，台灣海巡署公務船和漁船進入了釣魚島海域，該協會理事長特意趕赴台北，向台灣方面提出“抗議”。
2012年底安倍重新擔任首相後，其外相岸田文雄隨即在該協會會刊《交流》2013年第1期上發表賀詞，將台灣定位於“具有共同價值觀的重要夥伴”。
2016年1月17日，也即蔡英文當選第二天，蔡英文就在民進黨總部會見了專程前往台灣視察選舉並為蔡英文呐喊助威的交流協會會長大橋光男和駐台北辦事處主任沼田幹夫，指出雙方今後應進一步加強雙邊關係。在蔡英文當選當天，日本外相岸田文雄就發表談話，強調台灣與日本擁有共同的價值觀，雙方的經貿交往非常密切，人員往來也很頻繁，是日本的一個“重要夥伴”。安倍則於1月18日在參議院表示，台灣從很早開始就是日本的朋友。
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