阿扁勝選後，柯承亨擔任是其依重的人物。在台灣地區的情治系統基本上是由國民黨人掌握的不利情況下，阿扁就決定委任柯承亨為國安會諮詢委員，主管軍事、情報、軍購、兩岸和對美關係，為其在情治系統擔任“監軍”的角色。後來更將柯承亨晉升為國安會副秘書長，並擔任“國防組”召集人，負責跨組協調及強化聯繫，直接參與阿扁有關國安、“國防”事務的決策。二零零四年，外傳台灣正在秘密研製核武器，據國際情報和分析人員多方求證，柯承亨就是負責研發的“五人小組”成員之一。二零零五年五月，連戰、宋楚瑜連袂訪問大陸，柯承亨就在衡山指揮所內，主持“玉山專案”大型電腦軍演，完全按照實戰要求演練在緊急情況下當局各部門的危機處理能力。此次演習，深受阿扁和謝長廷的好評。為此，阿扁任命他為國防部軍政副部長，作為對以國民黨及外省籍人士為主的軍事機構的“監軍”。另外，柯承亨在國防部的實權最具體的表現就是涉龐大利益的軍購決策權。依分工，柯承亨是軍政副部長，但美台國防工業會議上不乏他的身影；立委組成的潛艇考察團，也是由柯承亨領隊，還添加參訪預警機製造廠的行程，重要的軍火商都知道誰才是真正應該遊說的對象。據說本來阿扁是有意讓在他在熟悉國防部的業務之後，將其提拔為國防部長，以實現“國防部長綠化”的，但後來因為涉及“巴新弊案”檢方搜索他位於國防部的辦公室，損害國防部的形象，而引咎辭職。
因此，如果說蔡英文安排田弘茂出任海基會董事長，是不顧海基會的交流、談判、服務性質，而要安撫深綠和“獨派”的話，那麼，她安排柯承亨出任海基會副秘書長，那就是為了調和與阿扁的關係。實際上，蔡英文為了當選總統，討好中間選民，而與阿扁的關係若即若離，只是公開表態同情阿扁的“司法程序正義”及程序，而從未關心阿扁的案情，及說一句“好話”，更不考慮特赦阿扁的問題。這當然引發阿扁的不快，及一邊一國連線的不滿。現在，在自己的政績一塌糊塗，民調直直落超越“死亡交叉”，及與一邊一國連線關係密切的台南市長賴清德正虎視眈眈自己的總統職位的情況之下，她不得不注意搞好與一邊一國連線的關係，因而作出了這個安排，以舒緩“扁迷”們的不滿。
但是，這就將使本已進入“冷和”狀態的海峽兩會的關係，更讓對岸猜疑和質疑。因為海基會副秘書長往往是兩岸協商的主將，實際上在海基會早期，海基會副秘書長就是事務性協商的主將，七次事務性協商都是由海基會副秘書長領銜，談出成果後交由副會長/副董事長級亦即“唐焦會談”敲定並簽署協議（但遭到“陸委會主委黃昆輝阻攔而未能簽成）。儘管說，海基會的幾位副秘書長，並非每一位都是談判主將，但蔡英文擺著這麼一個“國防專家”在此，叫對岸如何相信蔡英文的“誠意”？
還有，即使是在台灣當局自己內部，也勢成扞格之態。本來，在經歷了一定時間的衝突及磨合，尤其是當年的“海陸大戰”之後，為了理順陸委會與海基會的委託與被委託，指導與執行，後方與前方的關係，海基會的秘書長級人事，由陸委會派員兼任，以比照大陸國台辦與海協會其實是“一套人馬”的做法。但柯承亨並非是陸委會的現任官員，過去也從未在陸委會任過職，而他所取代的張天欽就是陸委會的副主委兼任，這就形成打亂既有的機制。由此可見，蔡英文壓根兒就沒有想到要恢復兩岸談判協商。或是換一句話說，她在看到對岸實施“停擺”措施，協商無望後，那就索性“擺爛”，先滿足了“扁迷”再說，其後如何解套，可以不理。 |
