應用轉基因技術帶來的潛在風險涉及生態環境安全、人畜安全等多方面的問題，因此轉基因安全性評價包括食用安全性評價和環境安全評價，其中食用安全性評價主要包括營養學、毒理學和致敏性評價等內容。
“2009年，轉基因抗蟲水稻獲得國家農業部頒發的轉基因安全證書。在此之前，我國已對該品種轉基因水稻進行了長達11年的安全性評價。”中國農業科學院生物技術研究所研究員黃大昉說，我國對轉基因水稻的安全評價慎之又慎。
“根據國際食品法典委員會標準，在評價抗蟲作物時毒理學試驗只要求做大鼠90天喂養和口服急性毒性試驗。但我國在這些試驗以外，還增加了國際食品法典委員會標準中沒有要求的三代繁殖試驗、慢性毒性試驗和致畸試驗。”黃大昉說，從生物學上來說，小鼠的90天相當於70歲人的9年時間，我國對轉基因水稻食用安全的試驗已經超出實際要求。“而且我國轉基因安全證書的有效期為6年，可以及時甄別潛在風險。”
“在轉基因方面，我們有過硬的產品，在轉基因水稻研發方面甚至是領先的，但還不能推出產品，這就在於政府部門對風險的嚴格把控。”中國科學院遺傳與發育生物學研究所研究員朱楨說。
數字說明了同樣的趨勢。截至2012年，農業部共受理了192家研發單位的生物安全申請1525項，最終僅對轉基因抗蟲棉花、抗蟲水稻、植酸酶玉米、抗病毒木瓜等7種作物發放農業轉基因生物安全證書，而最終真正進入商品化生產的作物只有轉基因棉花和木瓜。“最初安全申請與最終獲得安全證書之間的懸殊數量，也說明了我國轉基因安全評價程序的嚴格。”林敏說。
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