黨外人士的本土化訴求直到李登輝繼任，召開國是會議，開放海外黑名單，並且廢除刑法100條的叛亂罪讓台獨言論脫罪化後；綠營的台灣論述才開始轉向台獨化。90年代起，海外台獨聯盟遷台創立建國黨，與由黨外人士組織的民進黨，雙方展開激烈的爭奪台灣論述正統的論辯；但最終較激進的建國黨被民進黨取代，建國黨所謂的革命建國路線，也無疾而終。
四、阿扁執政時期的台灣論述
民進黨組黨之後，台論論述的演變進入第二階段。民進黨初期借用德國綠黨概念，從關懷環保下手，進而結合工運、農運、學運、婦運等社會運動，和向來以派系化經營基層、以及以“救國團化”來辦理校園黨務的國民黨形成強烈對比。也因為國民黨未能及時轉型，民進黨充分吸納當時進步青年及解嚴後蓬勃發展的社會力，迅速成長。雖然本土化與台獨運動訴求自始即聲息相通，但由於當時民進黨力量尚不足以挑戰國民黨的執政優勢，加上民眾對台獨恐懼感頗深，因而民進黨初期的台灣論述，還是在訴求本土化，並且主要集中在打擊國民黨的黨國體制與大中國意識。1986年11月民進黨第一屆全代會通過黨綱，標舉“台灣前途應由台灣全體住民自決”；1987年11月第二屆全代會通過“台灣人民有主張台灣獨立的自由”決議；1988年4月臨時全代會提出“四個如果”決議文；此時由於戒嚴體制尚未解除，民進黨的台灣論述與台獨論述尚未公開畫上等號，是在“先民主”的階段。
由於90年代初，李登輝擊敗黨內非主流的掣肘，獨攬黨國大權，國民黨政府中多數台灣人位至要津，本省人已經是當家作主；此時，民進黨的台灣論述對開拓選票的能量反而流失，得票始終在三成五上下。於是黨內開始要求論述應轉向更激進的路線，台獨訴求乃逐步化暗為明。1990年黨代表大會先提出“民主大憲章”草案，1991年召開人民制憲會議，通過《台灣憲法草案》，進而在黨代表大會中通過“公民投票方式建立台灣共和國”的《台獨黨綱》修正案。由於李登輝成立國統會，推動海峽兩岸辜汪會談；民進黨的台灣論述也從反對統一、反對國共和談正式轉變為台獨黨綱的新階段。此時各種激進的言論，比如台灣的先祖是所謂“矮黑人族”，提倡以羅馬拼音將閩南話文字化做為台灣共和國國語；甚至提倡台灣接受美國接管成為“第五十一州”，或成為日本“第五州”等極端主張均大鳴大放，而台灣地位未定論則是此時期最主要的論述。
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