不論是在具體的學院運作中，還是在學院對外方大學的影響力方面，孔子學院都不具備影響甚至限制對方大學學術自由的能力。而且，孔子學院作為以開展漢語教學為主要活動內容的中國語言文化推廣機構，奉行的是孔子兼容並包的教育理念，是傳承中華文化包容合作精神的重要載體，注重的是平等協作，鼓勵創新，而非鉗制自由。
孔子學院的確是有官方色彩的一家機構。其領導機構是中國“國家漢語國際推廣領導小組辦公室”(即國家漢辦)，這是一家掛靠在中國教育部下的直屬事業單位，目前與孔子學院總部合署辦公。某些國家強調孔子學院有政府背景，擔心其會替中國政府說話，會在所在國家的大學內部傳播中國政府價值觀和意識形態等等，這種糾結心態大概就是來自於學院總部與國家漢辦的這種官方色彩。
事實上，國家漢辦的宗旨就是強調“向世界推廣漢語，增進世界各國對中國的了解”，旨在借助漢語這一語言媒介，為不同文化之間的交流提供一個紐帶，增進彼此的了解與認知，從而在助推跨文明對話與世界和平發展的進程中做一個有擔當的國家。最終，在借鑒西方發達國家諸如法語聯盟、英國文化協會、歌德學院等文化機構先進經驗的基礎上，搭建了孔子學院這樣一個平台，其理念與初衷與這些已經比較成功的跨文化交流平台都是一致的。
孔子學院的設立，並不是孔子學院總部去和其他國家的政府和大學去主動談判，而是國外的大學或者其他機構主動到北京來與孔子學院總部洽商，主動要求合作開辦的。而當合約到期，對方也有充分的自由可以要求續約或者不再續約，對於合作雙方而言都是可以理解的正常現象。這也就意味著孔子學院總部對分布於全球的一千多家分支機構並沒有實際的控制權，它們都是相對獨立的，而只是在標識和形式上的統一而已。
只是由於總部要提供相應的資金、師資以及管理方面的支持，所以便會被某些輿論誤解，而國外相關機構可能出於特定的考慮，推波助瀾，將此誤讀放大化，從而對孔子學院的形象造成極大的負面影響。可是，孔子學院並非由一國說了算，甚至除卻資金投入與師資配備方面的因素，中國方面是充分尊重外方思路的，如果單純強調中國的官方色彩對其造成的實質影響，必然是缺乏解釋力的。如此，便不難理解形式上的官方色彩背後，在面對外界關於此的質疑甚或是抨擊時，孔子學院總部所要背負的是多麼大的一重無奈了。 |
