但到了鴉片戰爭之後，這種狀況開始發生微妙的變化。日本在學習西方文化、推動國家轉型方面，開始走在了中國前面，并在明治維新開始後的二十年內，在國力上已能與老大帝國并駕齊驅。但老大帝國畢竟實力雄厚，在甲午戰爭開始前至少還能在心理上保持對日本的優勢。甲午一戰令老大帝國顔面盡失，也失去了東亞霸主的地位，經過千年的期盼，日本終於得到夢寐以求的東亞霸權。十年後的日俄戰爭日本再一次取得了勝利，更鞏固了這種地位。
日本之所以在短期內形成對中國的國力優勢，完成了在封建時代一千兩百多年都沒有完成的事，歸根結底還是日本在工業化和現代化上走到了中國前面。在大清帝國的士子們還在刻苦攻讀四書五經，積極准備科舉舉業的時候，日本已培養了一批出色的工程師，開始在工業和科技各個方面取得進展。1891年，日本工程師下瀨雅允解決了西方工程師都沒有解決的問題，研究出了以苦味酸為主要成分的火藥，并制成炮彈裝備日本海軍。而此時的李鴻章中堂正在為海軍學校的生源和洋務人才的匱乏而大傷腦筋。結果很快就顯現：在大東溝海戰，裝備下瀨火藥的日本聯合艦隊將北洋艦隊打得落花流水。北洋艦隊的炮彈落後，供應又不足，面對下瀨火藥一籌莫展。陸軍之間的較量更是一邊倒，以舊式勇營為組織基礎的清軍根本不是采用德國兵制的日本陸軍的對手，結果可想而知。1895年，李鴻章與伊藤博文在下關春帆樓上簽訂了《馬關條約》，賠償了天文數字的賠款，抽幹了本國現代化的資金，使大清財政進一步陷入困窘，但為日本的現代化提供了強勁的財務支持。有了這一筆寶貴的第一桶金，日本的現代工業蓬勃發展，為日本在日俄戰爭中擊敗俄國提供了寶貴的物質基礎，但中國卻因賠款和由此引發的政治後果陷於混亂，并以簽訂《辛醜條約》而告一段落，中國的現代化和工業化受到更大程度的摧殘。
日俄戰爭為日本提供了寶貴的運用現代陸軍特別是海軍的經驗，并正式宣告日本成為帝國主義列強之一。隨著戰爭的勝利，日本的工業化和現代化事業更加深入，并在武昌起義前後已能生產當時最複雜的戰略武器：戰列艦。1912年，日本獨立建造的“河內級”戰列艦竣工，意味著日本獨立國防軍事體系已建設完成。當日本重工特別是軍工工業體系上升到這個水平的時候，真正的爆發就在眼前了。1921年，人類歷史上第一艘真正的航母“鳳翔號”下水。二戰期間日本設計出了第一流的“零”式戰鬥機，令納粹德國的戰鬥機相形見拙，特別在戰敗前夕日本還設計出足以改變戰局的“震電”戰鬥機。這時候日本已成為一個真正的軍事強國。而此時的中國則陷入軍閥混戰，大量財富被無謂消耗，軍工企業能生產步槍的就算是鎮國之寶。到了1936年，中國的鋼產量僅為41．4萬噸，僅為日本的十分之一！這裡面還包含了日本控制的偽滿鋼鐵產量，真正由國民政府控制的產量更只有可憐的5萬噸！
那麼，這些令人震驚的差距又是如何形成的？如果我們要對南京大屠殺有所反思，就應該從這些方面入手，而不應該去反思什麼虛無縹緲的“民族性”和“血性”。須知戰敗時面對美軍和蘇軍槍口時，投降的日本軍民表現也和南京軍民差不多！只是盟軍不像日本軍隊那麼殘暴而已，否則南京悲劇必將會上演日本版本。
首先，科舉制度綁架了數代中國精英，儒家文明的自我天下的意識更使得中國精英在面對西方科技、文化和制度方面綜合性優勢時麻木不仁，直到西方甚至西方的跟班日本將中國打得滿地找牙方才醒悟。科舉制度本來是一種很好的選拔人才的制度，是中華民族對世界文明史的偉大創舉。縱觀世界各文明古國，都是以世襲的貴族官僚制來選拔人才，不但選才範圍狹窄，還會造成地方割據等禍患，只有中國采用了科舉制，有效地防止了這一流弊，并成為現代文官制度的先導。但清代中國的士子依然埋頭於四書五經，全然不顧西方世界已經發生了知識革命，西方新知識在鴉片戰爭前已通過各個渠道傳入中國，卻難以提起士子興趣。特別可恥的是，在鴉片戰爭之後，即使西方的物質文明和知識優勢已被徹底證明的情況下，中國知識精英出於私利（通過科舉可做官），極力反對廢除科舉，實行國民教育，結果在科技上與西方各國越拉越遠，還被日本超過。清政府出於討好士子，也不敢貿然廢除科舉。儒家文明認為自我即天下，中國永遠居於文明中心，這也使得士子不願意正視西方的知識和文化優勢，對西方文化采取了鴕鳥主義的態度。而西方科學知識體系是一個動態的整體，具有強大的自我發展能力，一年的停滯需要數年的艱苦努力才能彌補，遑論中國士子數十年如一日地漠視西方知識和科技上面的優勢！當侵略者在南京舉起屠刀時，他們倚仗的正是日本的知識和科技優勢！難道晚清的數代士子對南京悲劇的出現沒有責任嗎？
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