（二）兩岸經濟制度化合作理念有偏差
兩岸經濟關係發展過程中，台灣當局迄今尚未給予大陸WTO會員待遇，對大陸經貿政策沒有遵守WTO的最惠國待遇原則，表現為如上所述的禁止或過分限制進口大陸產品，禁止或過分限制台商投資大陸，禁止或過分限制陸資入台投資，等等。除此之外，在兩岸經濟制度化合作中，台灣方面存在明顯的合作理念偏差，影響到兩岸經貿活動正常化與自由化進程，進而影響到兩岸經濟關係發展成效。
其一，較多注重自身經濟利益，而對兩岸共同利益重視不夠。兩岸經濟合作協商談判中，台灣當局及業者多希望大陸單方面持續“讓利”，多向台灣業者開放市場，而不太考慮也須將台灣市場相應開放給大陸業者；比較重視將台灣生產的產品與提供的服務出口銷售給大陸，較少考慮與大陸進行生產與經營合作，以整合兩岸互補性優勢與比較優勢，共同提升兩岸的國際競爭力，並形成“你中有我、我中有你”的融合發展格局，增進兩岸共同利益。
其二，較多注重生產者利益、短期利益與靜態利益，而對消費者利益、長期利益、動態利益重視不夠。兩岸經濟合作協商談判中，台灣方面比較重視貿易合作，而不太重視進行投資、生產、經營、研發合作；希望大陸能夠減免關稅進口更多的台灣產品，而不太願意減免關稅進口大陸產品；希望大陸多開放服務貿易市場給台灣的服務業者，而不太願意開放台灣服務貿易市場給大陸服務業者。這種心態與做法，表明台灣當局較多注重台灣企業生產者利益、短期利益與靜態利益，而對事關台灣民眾消費者利益、長期利益與動態利益的台灣自身市場開放方面，明顯重視不夠。
新形勢下兩岸經濟關係發展前景展望
如上所述，近年來的兩岸經濟關係在發展中一直存在影響其發展動力與成效的諸多問題。而當前，兩岸經濟制度化合作與兩岸經濟關係發展，正面臨新的國際形勢與兩岸形勢，特別是大陸經濟發展轉型、兩岸關係穩定性以及相應的政策驅動力進一步弱化的影響，可能步入衰退期。
1、國際需求衰退的影響
台灣接單或上游基地—大陸中下游組裝製造基地—最終產品出口國際市場，這一兩岸在國際產業分工與合作中的現行模式，使得兩岸貿易、兩岸投資的發展，因國際經濟危機、歐美日需求市場的衰退而受到較大衝擊。這凸顯了兩岸在國際產業分工與合作中的現行模式在國際產業分工與國際市場競爭中的不利一面，也表明，需要調整兩岸在國際產業分工與合作中的模式。
今後一段時期，正如“十三五”規劃綱要指出的，“國際金融危機衝擊和深層次影響在相當長時期依然存在，世界經濟在深度調整中曲折復蘇、增長乏力。主要經濟體走勢和宏觀政策取向分化，金融市場動盪不穩，大宗商品價格大幅波動，全球貿易持續低迷，貿易保護主義強化，新興經濟體困難和風險明顯加大。”（國務院，2016）⑦。國際需求疲軟甚至衰退，將從外部需求方面影響到兩岸經濟關係的發展。
2、大陸經濟發展轉型的影響
“十三五”規劃綱要要求，“牢固樹立和貫徹落實創新、協調、綠色、開放、共享的發展理念，以提高發展品質和效益為中心，以供給側結構性改革為主線，擴大有效供給，滿足有效需求，加快形成引領經濟發展新常態的體制機制和發展方式”。“十三五”規劃綱要實際上要求中國大陸經濟加快正在進行的發展轉型步伐，必將對“十三五”時期的兩岸經濟合作特別是大陸台資企業再發展產生相應影響，提出相應要求，同時也提供了新的機會與空間。
其一，生產要素投入層面的轉型與影響。
因應生產要素成本上升、資源能源環境壓力，“十三五”規劃綱要顯然要求當前大陸經濟發展在生產要素投入層面要加快從粗放型發展（資本、勞動力、土地等生產要素大規模低效率投入）向集約型發展（提高生產要素產出率）轉型。在引進外資方面，體現為從過去的招商引資到現在的挑商選資。這顯然衝擊到粗放型生產經營的台資企業，衝擊到許多科技含量不高的中小台資企業，衝擊到對環境有污染的台資企業。因此，新形勢下，台資企業需要走集約化生產經營道路，進行研發、生產與行銷等業務的重構與戰略整合，提高生產要素產出率。
其二，市場需求拉動層面的轉型與影響。
因應人民幣升值、國際市場需求衰退、國內收入成長消費水準提升，“十三五”規劃綱要顯然要求當前大陸經濟發展在市場需求拉動層面要加快從外需拉動發展為主向內需拉動發展為主轉型；從過度依賴公共投資拉動發展向更多依賴民間投資、消費需求拉動發展轉型。這顯然衝擊出口生產型台資企業，需要並可以轉向內需市場。但與此同時，開放私人投資，私人消費與內需市場增加，台資企業也因此面臨新的投資機會、合作機會。
其三，產業結構層面的轉型與影響。
隨著工業化的初步完成與人民收入生活水準的提升，“十三五”規劃綱要顯然要求當前大陸經濟發展在產業結構層面要加快從工業化向後工業化發展，需要大力發展先進製造業與現代服務業，包括生產性服務業與生活性服務業。這顯然會衝擊到先前的傳統製造業台資企業，但在先進製造業與服務業方面將帶來新的投資與合作機會。
其四，效率與公平層面的轉型與影響。
因應貧富分化與社會矛盾，“十三五”規劃綱要顯然要求當前大陸經濟發展在效率與公平層面要加快從先前的效率優先、兼顧公平向縮小收入差距、構建和諧社會的方向發展。這將導致勞動力成本的上升，衝擊到勞動力密集型產業的台資企業；但與此同時，大陸內需市場將進一步成長，有助於高端市場的形成和產品差異化經營，從而帶來新的投資與合作機會。
3、兩岸關係穩定性的影響
經濟關係與政治關係存在相互影響的互動關係。兩岸經濟關係發展無疑會受到兩岸政治關係的影響。兩岸政治關係主要通過影響兩岸經貿政策而影響兩岸經濟關係發展。
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