管理體制相對簡化
引導基金由省科技廳和省財政廳共同管理，設立轉化引導基金聯席會議作為管理和協調機構。聯席會議由省科技廳召集，轉化引導基金日常管理由省科技廳為主負責。聯席會議負責轉化引導基金引導放大目標、對接國家發起設立子基金事宜，審定轉化引導基金管理重大事項等。
浙江省財政廳代表省政府履行出資人職責，授權浙江省金融控股有限責任公司代行出資人職責。省科技廳負責浙江省科技成果轉化引導基金有限責任公司（以下簡稱“基金公司”）的組建和基金運作的業務指導與監管。基金公司按照《公司法》建立法人治理結構，設董事會、監事（會），依法履行相應職責。基金公司由聯席會議委托的基金運營機構進行日常管理，主要負責監督轉化引導基金的運作、轉化引導基金管理運作過程中的風險監控。首期轉化引導基金擬委托浙江省科技風險投資有限公司具體經營管理，委托管理期限暫定為五年。為加強對省科技風險投資有限公司的日常管理，試運行一年後進行績效考核評估，如不合適，再通過公開招標方式重新選擇基金運營機構。
子基金設立相對放權
科技成果轉化專業化程度高、風險較大，子基金的設立充分體現市場化方向，由基金運營機構根據管理辦法、聯席會議要求自行決定發起或增資子基金。聯席會議不審批新設或增資子基金方案，既可以做到簡政放權，又可以規避審批風險，提高轉化引導基金運行效率。此外，參照省政府產業基金做法，引導基金的委托管理費用原則上按照實際投資金額0.6%的比例按年支付。
基金退出時讓利方式
母基金的存續期限與省政府產業基金的期限一致；子基金的存續期限一般為8年。參照國家做法，對於發起設立的子基金，4年內以轉化引導基金原始出資額轉讓退出；4—6年的，第5年起按照轉讓時中國人民銀行公布的1年期貸款基準利率計算的利息之和轉讓；如果子基金的投資方向不符合本辦法的規定，則不享受以上優惠措施，引導基金與其他出資人同股同權。
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