這次出現了新的問題。簡單來說，這是一次政治上的轉變。比起解決此類的問題，對於台灣即將離任的總統來說，站出來為之戰鬥，獲得的東西更多。日本方面知道它可以忽略台灣領導人馬英九總統（代表國民黨），一直到5月20日蔡英文上台。台灣新當選的總統蔡英文所代表的民進黨與日本一直保持著良好的相處記錄。
馬英九總統想要在他離任前展現出他強硬的外交立場，這樣即使在他結束政治生涯後，影響力也不會消失。台灣民眾們發現，在他的八年任期內，有時台灣的外交政策太軟弱。馬英九總統可能還想幫助國民黨贏得人數眾多的台灣漁民們的長期好感。畢竟，台灣的下一個中期選舉還有兩年的時間。馬英九總統的發言人拒絕深入研究上周的東京抗議（27日上午，數百名台灣漁民集結在日本交流協會前抗議，要求日本政府道歉，除蛋洗大門，還在事先準備的沖之鳥礁地圖上噴漆以示抗議）的深層動機，這裡面還包括台灣外交部與日本駐台代表之間長達一個小時的會議。
台灣駐日代表沈斯淳28日下午在東京就日本抓扣台灣漁船向日本交流協會提出抗議。29日台灣“外交部長”林永樂還在台北召見日本駐台代表沼田幹夫，表達台灣漁船在公海捕魚不受干擾的立場。28日上午，馬英九總統再度表示，沖之鳥礁只是礁，“我們要反對日本的擴權、違法”，並有效保護漁民在公海作業的自由，已要求海巡署派遣艦艇護漁，“這是我們非常基本的權利，絕對不能退讓”。台媒報道說，在馬英九總統要求之下，台灣海巡署5月初至少將派出兩艘巡護船抵達沖之鳥礁海域，不會拖到“5•20”新政府之後，也不會讓日本海上保安廳登上台灣漁船臨檢。日本外務大臣岸田文雄28日召開記者會表示，“沖之鳥島”確實是日本最南端的“島嶼”，無法接受台灣“（該處）不是島而是岩礁”、因此不得劃設200海里專屬經濟區（EEZ）的“片面主張”，已透過日本在台交流協會對台灣表示抗議。
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